Os Fundos Nacionais são fundos geridos por entidades públicas que se organizam em programas e concursos que visam apoiar e financiar atividades de despesa ou investimento em diferentes áreas. Podendo estes serem estruturados em projetos individuais ou em cooperação com outras entidades.
FPRH – Fundo de Proteção de Recursos Hídricos
PIT – Programa de Intervenção Turística
FFP – Fundo Florestal Permanente
FAMI – Fundo para o Asilo, a Migração e a Integração
ICNF – Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas
DGAV – Direção-Geral da Alimentação e Veterinária
IFAP – Instituto de Financiamento da Agricultura e Pescas
IEFP – Instituto do Emprego e Formação Profissional
IMT – Instituto da Mobilidade e dos Transportes, I.P.